In Amicron Mailoffice werden ab Version 5.0 gelöschte E-Mails, die über eine IMAP-Konto empfangen wurden, zunächst zur Löschung gekennzeichnet und ausgeblendet. Beim nächsten Synchronisationsvorgang (Empfangen und Senden) werden die zur Löschung gekennzeichneten E-Mails vom IMAP-Server entfernt.
Werden auf dem IMAP-Server E-Mails gelöscht (z.B. durch einen anderen E-Mail-Client) bleiben die gelöschten E-Mails in Amicron Mailoffice lokal im Ursprungsordner erhalten, können aber jederzeit auch hier gelöscht werden. E-Mails, die auf dem IMAP-Server in den Papierkorb verschoben werden, werden von Amicron-Mailoffice neu empfangen und ebenfalls im Papierkorb abgelegt.